首先在根尖、侧芽和顶芽等部位表现出来，表现为植株矮小，节间较短，组织软弱，幼叶卷曲畸形，叶缘变黄并逐渐坏死，根尖的分生组织腐烂、死亡。一些作物和蔬菜缺钙容易感病，如白菜和莴苣的叶焦病；西红柿、辣椒、西瓜等出现了脐腐病；苹果出现苦豆病和水心病。一般而言土壤交换性钙(Ca2)含量大于10μmol/Kg时，作物不缺钙。北方富含钙的石灰性土壤易出现生理性缺钙。